El Seminario Conciliar de Orihuela como proyecto, tiene su origen en el Decreto sobre la fundación de Seminarios del Canon 18 de reforma de la sesión XIII del Concilio de Trento. Debido a los problemas de erección de la nueva Diócesis de Orihuela (creada en 1564) y su posterior organización, junto al deficiente funcionamiento de los seminarios existentes, se retrasó su fundación hasta después de que el papa Inocencio XIII actualizara el deseo tridentino por la Bula “Apostololici Ministerii” del 13 de mayo de 1723.
El diseño y realización para la Diócesis de esta institución perteneció a D. Juan Elías Gómez de Terán, obispo de Orihuela desde 1738 hasta 1759. Primero fundó el Seminario de San Miguel para sacerdotes operarios en 1740, y en el año 1742 creó otro seminario en el mismo lugar junto al ya existente para jóvenes de carrera eclesiástica, dándole por titular a la Purísima Concepción. Ambos Seminarios se unificaron en el año 1744 por Bula de Benedicto XIV de 7 de marzo de 1743 y la Provisión del rey de España Felipe V el 28 de mayo del mismo año. La nueva institución pasó a llamarse: Seminario Conciliar de la Purísima Concepción y Príncipe San Miguel. El 7 de marzo de 1742 el fundador publica una carta pastoral donde da a conocer la nueva institución, a la que dota de buenas rentas y unas detalladas constituciones. Desde este momento nadie debía ordenarse, sin haber estado antes durante un mínimo de seis meses en el seminario.
El obispo D. José Tormo (obispo de Orihuela desde 1767 hasta 1790) añadió por levante un nuevo edificio y enriqueció el conjunto con una excelente biblioteca, uno de los valores culturales más importantes que conserva hoy el seminario. Las materias que componen el fondo son muy variadas, fiel reflejo de la reforma educativa de los seminarios llevada a cabo por Carlos III en 1768. Este monarca creyó que unos eclesiásticos bien formados intelectualmente, elevarían el nivel intelectual de sus reinos. D. Pedro María Cubero (obispo desde 1859 hasta 1881), añadió el salón de actos y abasteció de agua potable a todo el seminario.
El 15 de agosto de 1889 se fundó, siendo obispo D. Juan Maura y Gelabert, el Colegio de Vocaciones Eclesiásticas de San José para los seminaristas de clase humilde, situado en el lugar que hoy ocupan las dominicas de Orihuela. El obispo D. Javier Irastorza lo convirtió en seminario menor en 1925. Después de la última guerra civil española se unieron en lo que hoy es el seminario.
El Teologado de Alicante se abre en el año 1969, siendo obispo de la Diócesis D. Pablo Barrachina, con capacidad para 40 seminaristas mayores. Por decreto de la Sagrada Congregación para la Educación Católica del 3 de marzo de 1976, el seminario mayor se afilió a la facultad de teología San Vicente Ferrer de Valencia.
Desde el punto de vista artístico, el conjunto de la obra es austero y funcional, destacando por su buen acabado la doble portada barroca con diversos conjuntos de altorrelieve. De abajo hacia arriba: el escudo de armas del fundador; la Inmaculada Concepción y San Miguel luchando contra el dragón, titulares del Seminario; el corazón de Jesús. La capilla es de estilo barroco.